Kegiatan pertanian dan perdagangan secara signifikan mewarnai perekonomian Kabupaten Gunungkidul. Peran sektor pertanian pada PDRB ADHK 2000 Tahun 2005 mencapai 39,79 persen. Sedangkan peran sektor perdagangan, hotel, dan restoran mencapai 14,15 persen dengan peran dominan pada kegiatan perdagangan.

Namun demikian jika dibandingkan dengan daerah lain di Propinsi DIY, produksi pertanian Gunungkidul tergolong kecil. Daerah ini hanya unggul dalam produksi ubi kayu dan peternakan Kambing. Hampir setengah dari populasi Kambing di DIY terdapat di Kabupaten Guningkidul. Selain itu, di daerah ini terdapat industri yang mengolah salah satu produk pertanian, yaitu pabrik tiwul.

Populasi ternak Kambing terbesar ada di Kecamatan Ponjong. Di kecamatan ini pula terdapat jumlah populasi ternak Sapi dan Kerbau terbesar. Populasi ternak lainnya yang signifikan adalah Domba, Ayam Kampung dan Ayam Pedaging.

Untuk tanaman bahan pangan, andalan Kabupaten Gunungkidul adalah ubi kayu, padi, dan jagung. Produksinya hampir merata di setiap kecamatan. Namun demikian, terdapat kecamatan-kecamatan dengan produksi tiga komoditi tersebut lebih besar. Produksi signifikan ubi kayu terdapat di Kecamatan Semanu, Ponjong, dan Playen. Sementara kecamatan dengan produksi padi dan jagung terbesar adalah Kecamatan Semin.

Di daerah ini terdapat produksi sayur-sayuran dan buah-buahan namun dalam jumlah yang tidak signifikan. Cabe, kacang panjang, dan sawi merupakan produk unggulan daerah ini untuk sayur-sayuran. Sementara buah-buahan, produksi unggulannya adalah pisang, nangka, dan mangga.

Produk perkebunan andalan daerah ini adalah kelapa dengan produksi 8,3 juta ton, jambu mete 715 ribu ton, dan tembakau 366 ribu ton. Produk-produk ini tersebar di beberapa kecamatan dengan produksi terbesar masing-masing ada di Ponjong, Semanu, dan Semin.

Selain pertanian, perekonomian Kabupaten Gunungkidul diwarnai kegiatan perdagangan. Dinamika perdagangan ini antara lain tercermin dari banyaknya Surat Ijin Usaha Perdagangan (SIUP) dan Tanda Daftar Perusahaan (TDP). Di Kabupaten Gunungkidul, jumlah SIUP yang diterbitkan sebanyak 124 buah dengan mayoritas untuk klasifikasi perusahaan kecil. Sementara itu, TDP yang diterbitkan sebanyak 116 buah dengan mayoritas perusahaann perorangan.